人口増加、資源の枯渇、環境破壊など、地球が様々な問題を抱えた結果、人類は生活圏を宇宙空間にまで広げ、スペースコロニーへ移住することを決意。
新たに軌道暦 (Orbital Era) が定められることとなった。
宇宙に無数のコロニーが浮かぶようになったO.E.311年。
主人公の獅子堂秋葉は、明るく幸せな毎日を過ごしながら自分にしかできないことを探し求めていた。
ある日、秋葉は突如出現した人工知能搭載型コロニーレオパルドと出会う。
そして秋葉を「宇宙をかける少女」と呼ぶ謎の少女河合ほのかに促されるがまま、各地からレオパルドの修復に必要な機材を盗み出すことになる。
一方、レオパルドの出現を受けて、ICPに所属する神凪いつきも動き出す。